Nuestras categorías inferiores la componen más de 500 futbolistas masculinos y femeninos en los 26 equipos que conforman la estructura deportiva de nuestra entidad. Nuestra escuela deportiva es de reconocido prestigio y base fundamental de los éxitos que se consiguen en las categorías superiores. La Academia del Club Atlético de Pinto es reconocida a nivel Nacional no solo por formar grandes deportistas que llegan luego a las categorías profesionales, sino también por formas grandes personas, valor fundamental para pertenecer a ella y progresar dentro de la entidad.
La estructura de la Academia es de las más importantes de España ya que está dirigida por un Director Deportivo, máximo responsable, un Coordinador General de fútbol que diseña y supervisa todos los entrenamientos de base para que el crecimiento de los deportistas sea uniforme. A su vez, dentro de la estructura hay tres coordinadores de área de los que dependen 26 entrenadores con sus respectivos ayudantes y delegados. Además, la Academia cuenta con profesionales en área de preparación física, nutrición y fisioterapia.
Por lo tanto, nuestras categorías inferiores son las siguientes: Pitufo, Prebenjamin, Benjamín, Alevin, Infantil, Cadete y Juvenil. En cada categoría hay más de tres equipos atendiendo a la edad y al nivel de nuestros futbolistas.